Bij een missie horen objectieven. Deze worden opgesplitst voor de twee doelgroepen van de Vlaamse Olympiades voor Natuurwetenschappen, namelijk in eerste instantie de leerlingen die de belangrijkste groep vormen en in tweede instantie hun leraren.

1. Wetenschap tot leven brengen door de schoolse wetenschappelijke kennis toe te passen in het dagelijkse leven. De betrokkenheid bij natuur, milieu en landschap vergroten en dit in functie van een duurzame samenleving.
2. Tonen wat wetenschappen behelst door de sociale en economische implicaties in de maatschappij ervan onder ogen te brengen.
3. Prikkelen tot zelfstandig en creatief werken door het accentueren van oplossingsmethodes en wetenschappelijke concepten toe te lichten.
4. Sensibiliseren voor wetenschappelijk en technologisch onderzoek.
5. Promoten van teamwork tijdens de stagedagen.
6. Aanmoedigen tot het aanvatten van studies in de exacte wetenschappen.
7. Motiveren van jongeren en voornamelijk meisjes om ook voor een carrière te kiezen in de wetenschappen en/of het wetenschapsonderricht.
8. Het selecteren van de beste leerlingen om hen af te vaardigen naar de Internationale Olympiades zodat zij hier ervaring kunnen opdoen op internationaal vlak.