De missie en doelstellingen van JON zijn eigenlijke dezelfde als deze van de andere Olympiades Natuurwetenschappen.

Voor JON voegen wij eraan toe dat de deze Olympiade laagdrempelig moet zijn. Het is immers de bedoeling de leerlingen te motiveren in de wonderbare wereld van de wetenschappen en dat zij hierdoor sneller de stap zullen zetten om deel te nemen aan de andere Olympiades natuurwetenschappen wanneer zij in de derde graad zitten.

JON heeft niet als bedoeling leerlingen te selecteren voor de International Junior Science Olympiad of IJSO (die steeds begin december georganiseerd wordt).